使いかた備忘録

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主な変異株のスパイクタンパク質における変異場所を全部可視化してみる〜新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)〜、の巻

はじめに なんか最近変異株の情報が多くなってきて。。。頭をすっきりさせたくてですね、 VOC(Variants of Concern; 懸念される変異株)、VOI(Variants of Interest; 注目すべき変異株)、それからインドで流行して最近本邦でも話題になっているB.1.617の変異についてまとめて、スパイクタンパク質のどこに変異の場所があるのかをぱっとみれるように可視化しました。 […]

PDBファイルをJSONファイルに変換するツールpdb2json、の巻

はじめに タンパク質の構造データベースである、Protein Data Bank(PDB)のPDBファイルを、JSONファイルに変換したいことがありまして。 PDBのサイトからはJSON形式としてはどうやらダウンロードできないので、PDB形式などの構造データファイルをJSON形式に変換する方法を探してたところ、 pdb2json ていう、どストライクのwebツールをPythonで書いてくれている方 […]

logとの合成関数 log f(x) の微分であたふたしたので証明についてメモ

  • 2021.04.13

はじめに 勉強中に「あれ、これってなんでこうなるんだっけ?」ってなって、あたふたしたので備忘録としてメモ。 下のlogとの合成関数の偏微分についてです。 要は、 っていう形になってて、これの公式は ということだからなのだよ、と。 ふむふむなるほど。。。でも、「なんでじゃあぁぁぁ!? o(`ω´ )o 」てなりまして。。。 というわけで、合成関数の微分公式についての証明をしらべてみると理解できました […]

WordやPowerPointでバックスラッシュ(backslash)を表示するの巻

はじめに Office365のアプリケーション(ここではWord、ExcelそれからPowerPoint)で、「\」(バックスラッシュ。英;backslash)を表示したいのに「¥」になるんですよ。 どうしましょ。という話です。 バックスラッシュの表示を確認してみます(Mac) *本記事の画像中で「Helvetica」のフォント名が「Helveica」になっとります、読みかえお願いします、すみませ […]

タグ「video」を同等の「amp-video」タグに置き換えてください、を解消(WordPressテーマ「LION BLOG」)の巻

はじめに こんなmp4の動画を こちらの記事に入れているんですけど、 変異株のN501Yってどこにあるのよ(K417NとE484Kも) 〜新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)〜、の巻 動画を入れた途端にグーグルサーチコンソールでAMPエラーが出てしまって、 タグ「video」を同等の「amp-video」タグに置き換えてください。 とか このページには AMP コンポーネントの「script […]

COVID-19のワクチンの中身を詳しくみてみる、の巻

はじめに 新型コロナウイルスがもたらすCOVID-19に対するワクチンが開発・実用化されてきて、mRNAワクチンとかウイルスベクターワクチンとか、よく目にするようになりました。 で、結局具体的に何を体に入れるのかについて、もうちょっと詳しく知りたいぞ、と。 というわけで、ここでは現時点での主なCOVID-19のワクチンである ・BNT162(ファイザー/バイオンテック)・mRNA-1273(モデル […]

Excelで作成した表をほぼ見たまんまでWordPressに貼り付けるの巻

はじめに Excelで作成した表をセルの結合や配色等を維持しつつWordPressに貼り付けたい時がありまして。 例えば、Excelで作ったこんな表(Excelの画像を貼っています)。 これをWordPressで見た目を同じように表現したい、と。 で、次の表は本記事のやり方で上記のExcelの表データをWordPressに持ってきて作ったものです。このようにしたい、と。 テストの結果 生徒番号 組 […]

変異株のN501Yってどこにあるのよ(K417NとE484Kも) 〜新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)〜、の巻

英国や南アフリカで見つかった新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の変異株(それぞれVOC-202012/01、501Y.V2)が取り沙汰されていて、こういう図はよく見かけて、ああ、赤丸あたりに例のN501Yとかの変異があるのね、っていうのは分かったんですけど。。。 もうちょっと詳しく見たいぞう 。 ということで、赤丸の部分に相当する部分をもうちょっと詳しく見てみることにしました。 関連記事; […]

MacBookにPyMolをインストールの巻

はじめに 無料で使えるオープンソース版のPyMolがあるらしいことを知る。。。 レガシーのPymolを使ったことがありますが、これ最初無料だったけど上位バージョンで有料になったり、その辺の関係が複雑でわかりにくいのよね。 で、最近はオープンソース版であれば、最近のバージョンであっても無料で使える(Published under a BSD-like license)ということなので、MacBook […]

Plotlyのcandlestickチャートでgapになっている期間をno gapで描画するの巻

はじめに Plotlyでfxのチャートをそのまま描画すると、取引のない期間(日本では土曜の早朝から月曜日の早朝まで)はデータが無いためグラフにgapができてしまい不格好ですので。。。 ↓のようにgapを非表示にして描画したい、と。そのやり方のメモです。 方法としては、 rangebreaksを使ってgapとなっている期間を指定し非表示にする にて、できることがわかりましたよ、と。 まずは普通に描画 […]

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