Python

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グレープフルーツがCYP3A4をどうやって阻害するのか見てみる、の巻

はじめに 好きです、グレープフルーツ。この前グレープフルーツジュースをぐびぐび飲んでた時にふと、「そういや薬を飲んでる時にグレープフルーツ食べたり飲んだりしたら薬物相互作用が起こる場合があるんだよね」というのを思い出しまして。 これは、グレープフルーツに含まれているフラノクマリン類が、薬物代謝酵素シトクロムP450の一種であるCYP3A4を阻害してしまって、飲んだ薬によってはその代謝が十分になされ […]

主な変異株のスパイクタンパク質における変異場所を全部可視化してみる〜新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)〜、の巻

はじめに なんか最近変異株の情報が多くなってきて。。。頭をすっきりさせたくてですね、 インドで流行して最近本邦でも話題になっているB.1.617系統も含めたVOC(Variants of Concern; 懸念される変異株)とVOI(Variants of Interest; 注目すべき変異株)のスパイクタンパク質上の変異についてまとめて、スパイクタンパク質のどこに変異の場所があるのかをぱっとみれ […]

PDBファイルをJSONファイルに変換するツールpdb2json、の巻

はじめに タンパク質の構造データベースである、Protein Data Bank(PDB)のPDBファイルを、JSONファイルに変換したいことがありまして。 PDBのサイトからはJSON形式としてはどうやらダウンロードできないので、PDB形式などの構造データファイルをJSON形式に変換する方法を探してたところ、 pdb2json ていう、どストライクのwebツールをPythonで書いてくれている方 […]

logとの合成関数 log f(x) の微分であたふたしたので証明についてメモ

  • 2021.04.13

はじめに 勉強中に「あれ、これってなんでこうなるんだっけ?」ってなって、あたふたしたので備忘録としてメモ。 下のlogとの合成関数の偏微分についてです。 要は、 っていう形になってて、これの公式は ということだからなのだよ、と。 ふむふむなるほど。。。でも、「なんでじゃあぁぁぁ!? o(`ω´ )o 」てなりまして。。。 というわけで、合成関数の微分公式についての証明をしらべてみると理解できました […]

MacBookにPyMolをインストールの巻

はじめに 無料で使えるオープンソース版のPyMolがあるらしいことを知る。。。 レガシーのPymolを使ったことがありますが、これ最初無料だったけど上位バージョンで有料になったり、その辺の関係が複雑でわかりにくいのよね。 で、最近はオープンソース版であれば、最近のバージョンであっても無料で使える(Published under a BSD-like license)ということなので、MacBook […]

Plotlyのcandlestickチャートでgapになっている期間をno gapで描画するの巻

はじめに Plotlyでfxのチャートをそのまま描画すると、取引のない期間(日本では土曜の早朝から月曜日の早朝まで)はデータが無いためグラフにgapができてしまい不格好ですので。。。 ↓のようにgapを非表示にして描画したい、と。そのやり方のメモです。 方法としては、 rangebreaksを使ってgapとなっている期間を指定し非表示にする にて、できることがわかりましたよ、と。 まずは普通に描画 […]

pandasでブロック内だけで小数点以下の表示数を変更するの巻

はじめに Pythonのpandasで小数点以下の表示数を変更したいときは、 pd.options.display.float_format = ‘{:.2f}’.format のように記述しておけばいいけど、この方法だとスクリプト全体に適用されます。 では一時的に、任意のブロックの中でだけ小数点以下の表示数を変更したい時はどうしたらいいのん? てなったのでやり方をメモ。 […]

pandasのDataFrameでheadとtailを同時に使う、的な。の巻

はじめに pandasのDataFrameを取り扱っているときにDataFrameの頭とお尻の両方を同時に見たい時がありまして、headとtailを合わせて使ってましたが、もっと効率的な方法がわかったのでメモ。headとtailを同時に使ったような感じになるので、タイトルは「・・・、的な」としています。 pandasの option_contextで ’display.max_rows […]

pandasでcsvを複数の区切り文字で区切って読み込むの巻

はじめに pandasのread_csvにてcsvファイルを読み込むときに、複数の区切り文字(delimiter)で区切って読み込むための指定方法がわかんなくて調べたのときのメモです。 sep(またはdelimiter)にて区切り文字を指定するときに “[]” に区切り文字を詰め込む で、よいと。 タイトルママなので早速やって見ます。 やりかた 次のようなcsvファイル(t […]

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