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主な変異株のスパイクタンパク質における変異場所を全部可視化してみる〜新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)〜、の巻

はじめに なんか最近変異株の情報が多くなってきて。。。頭をすっきりさせたくてですね、 VOC(Variants of Concern; 懸念される変異株)、VOI(Variants of Interest; 注目すべき変異株)、それからインドで流行して最近本邦でも話題になっているB.1.617の変異についてまとめて、スパイクタンパク質のどこに変異の場所があるのかをぱっとみれるように可視化しました。 […]

PDBファイルをJSONファイルに変換するツールpdb2json、の巻

はじめに タンパク質の構造データベースである、Protein Data Bank(PDB)のPDBファイルを、JSONファイルに変換したいことがありまして。 PDBのサイトからはJSON形式としてはどうやらダウンロードできないので、PDB形式などの構造データファイルをJSON形式に変換する方法を探してたところ、 pdb2json ていう、どストライクのwebツールをPythonで書いてくれている方 […]

MacBookにPyMolをインストールの巻

はじめに 無料で使えるオープンソース版のPyMolがあるらしいことを知る。。。 レガシーのPymolを使ったことがありますが、これ最初無料だったけど上位バージョンで有料になったり、その辺の関係が複雑でわかりにくいのよね。 で、最近はオープンソース版であれば、最近のバージョンであっても無料で使える(Published under a BSD-like license)ということなので、MacBook […]

Plotlyのcandlestickチャートでgapになっている期間をno gapで描画するの巻

はじめに Plotlyでfxのチャートをそのまま描画すると、取引のない期間(日本では土曜の早朝から月曜日の早朝まで)はデータが無いためグラフにgapができてしまい不格好ですので。。。 ↓のようにgapを非表示にして描画したい、と。そのやり方のメモです。 方法としては、 rangebreaksを使ってgapとなっている期間を指定し非表示にする にて、できることがわかりましたよ、と。 まずは普通に描画 […]

pandasでブロック内だけで小数点以下の表示数を変更するの巻

はじめに Pythonのpandasで小数点以下の表示数を変更したいときは、 pd.options.display.float_format = ‘{:.2f}’.format のように記述しておけばいいけど、この方法だとスクリプト全体に適用されます。 では一時的に、任意のブロックの中でだけ小数点以下の表示数を変更したい時はどうしたらいいのん? てなったのでやり方をメモ。 […]

pandasでcsvを複数の区切り文字で区切って読み込むの巻

はじめに pandasのread_csvにてcsvファイルを読み込むときに、複数の区切り文字(delimiter)で区切って読み込むための指定方法がわかんなくて調べたのときのメモです。 sep(またはdelimiter)にて区切り文字を指定するときに “[]” に区切り文字を詰め込む で、よいと。 タイトルママなので早速やって見ます。 やりかた 次のようなcsvファイル(t […]

Plotlyのsubplotでtitleの重なりを解消の巻

はじめに Plotlyで、subplotを使ってpieチャートを並べた時に、subplot_titlesで設定したタイトルがグラフ上の数値と被ってしまうケースがあったため、subplotのタイトルの位置をずらすことで対応しました。 このように、subplotしたときのtitleがグラフのテキストに重なってしまって見にくいので。。。 次のようにtitleの位置をずらして重ならないようにしました、とい […]

Python mplfinanceのcandlestickのstyleの巻

タイトルママで、mplfinanceでローソク足(candlestick)チャートを描画した時のスタイルのメモです。 mplfinanceの詳細はGitHubにてご確認ください。 今回使用したデータ類に関するメモは記事の下部に記載しています。 では早速。図がちょっと見切れてるのが気になりましたら脳内補完お願いします。 mplfinanceのcandlestickのstyle一覧 binance b […]

PlotlyでBoxplotのtrace nameを消すの巻

はじめに Plotlyのsubplotを使ってBoxplotを並べると、trace nameが隣のグラフと被ってしまう。。。指定方法がなかなかわからず彷徨いながらもtrace nameを消す方法にたどり着いたので忘れないようにメモ という話。 やり方 layoutで、消したいtrace nameが属する軸 + subplotでの順番を指定して、 showticklabels = False の状態 […]