PyMol

グレープフルーツがCYP3A4をどうやって阻害するのか見てみる、の巻

はじめに 好きです、グレープフルーツ。この前グレープフルーツジュースをぐびぐび飲んでた時にふと、「そういや薬を飲んでる時にグレープフルーツ食べたり飲んだりしたら薬物相互作用が起こる場合があるんだよね」というのを思い出しまして。 これは、グレープフルーツに含まれているフラノクマリン類が、薬物代謝酵素シトクロムP450の一種であるCYP3A4を阻害してしまって、飲んだ薬によってはその代謝が十分になされ […]

新型コロナウイルス感染症の治療薬候補PF-07321332の結合様式を想像する、の巻

はじめに タイトルに「想像」とありますように、個人の想像に基づいて結合様式の画を作製しておりますので、くれぐれも本記事の内容を土台にして大事なことをなさいませんように。。。 さて、ファイザーが現在(2021年5月23日)開発中のPF-07321332ですが、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の経口治療薬としての実用化への期待が高まってきているようです。じゃあ何がどうなって効果が出るのよ、 […]

変異株のN501Yってどこにあるのよ(K417NとE484Kも) 〜新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)〜、の巻

英国や南アフリカで見つかった新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の変異株(それぞれVOC-202012/01、501Y.V2)が取り沙汰されていて、こういう図はよく見かけて、ああ、赤丸あたりに例のN501Yとかの変異があるのね、っていうのは分かったんですけど。。。 もうちょっと詳しく見たいぞう 。 ということで、赤丸の部分に相当する部分をもうちょっと詳しく見てみることにしました。 関連記事; […]

MacBookにPyMolをインストールの巻

はじめに 無料で使えるオープンソース版のPyMolがあるらしいことを知る。。。 レガシーのPymolを使ったことがありますが、これ最初無料だったけど上位バージョンで有料になったり、その辺の関係が複雑でわかりにくいのよね。 で、最近はオープンソース版であれば、最近のバージョンであっても無料で使える(Published under a BSD-like license)ということなので、MacBook […]