はじめに なんか最近変異株の情報が多くなってきて。。。頭をすっきりさせたくてですね、 インドで流行して最近本邦でも話題になっているB.1.617系統も含めたVOC（Variants of Concern; 懸念される変異株）とVOI(Variants of Interest; 注目すべき変異株）のスパイクタンパク質上の変異についてまとめて、スパイクタンパク質のどこに変異の場所があるのかをぱっとみれ […]
はじめに タンパク質の構造データベースである、Protein Data Bank（PDB）のPDBファイルを、JSONファイルに変換したいことがありまして。 PDBのサイトからはJSON形式としてはどうやらダウンロードできないので、PDB形式などの構造データファイルをJSON形式に変換する方法を探してたところ、 pdb2json ていう、どストライクのwebツールをPythonで書いてくれている方 […]
はじめに 無料で使えるオープンソース版のPyMolがあるらしいことを知る。。。 レガシーのPymolを使ったことがありますが、これ最初無料だったけど上位バージョンで有料になったり、その辺の関係が複雑でわかりにくいのよね。 で、最近はオープンソース版であれば、最近のバージョンであっても無料で使える（Published under a BSD-like license）ということなので、MacBook […]
はじめに Plotlyでfxのチャートをそのまま描画すると、取引のない期間（日本では土曜の早朝から月曜日の早朝まで）はデータが無いためグラフにgapができてしまい不格好ですので。。。 ↓のようにgapを非表示にして描画したい、と。そのやり方のメモです。 方法としては、 rangebreaksを使ってgapとなっている期間を指定し非表示にする にて、できることがわかりましたよ、と。 まずは普通に描画 […]
Backtesting.pyを使ったときの備忘録です。 テスト用データについて テスト用データはOHLCV（’Open’, ‘High’, ‘Low’, ‘Close’, ‘Volume’）の形であることが必要です（’Volume’は無くても良い）。 なの […]
はじめに Pythonのpandasで小数点以下の表示数を変更したいときは、 pd.options.display.float_format = ‘{:.2f}’.format のように記述しておけばいいけど、この方法だとスクリプト全体に適用されます。 では一時的に、任意のブロックの中でだけ小数点以下の表示数を変更したい時はどうしたらいいのん？ てなったのでやり方をメモ。 […]
はじめに pandasのread_csvにてcsvファイルを読み込むときに、複数の区切り文字（delimiter）で区切って読み込むための指定方法がわかんなくて調べたのときのメモです。 sep（またはdelimiter）にて区切り文字を指定するときに “[]” に区切り文字を詰め込む で、よいと。 タイトルママなので早速やってみます。 やりかた 次のようなcsvファイル（t […]
はじめに Plotlyで、subplotを使ってpieチャートを並べた時に、subplot_titlesで設定したタイトルがグラフ上の数値と被ってしまうケースがあったため、subplotのタイトルの位置をずらすことで対応しました。 このように、subplotしたときのtitleがグラフのテキストに重なってしまって見にくいので。。。 次のようにtitleの位置をずらして重ならないようにしました、とい […]
タイトルママで、mplfinanceでローソク足（candlestick）チャートを描画した時のスタイルのメモです。 mplfinanceの詳細はGitHubにてご確認ください。 今回使用したデータ類に関するメモは記事の下部に記載しています。 では早速。図がちょっと見切れてるのが気になりましたら脳内補完お願いします。 関連記事；過去20年分のドル円ローソク足チャートを1分足やら5分足やら日足やらで […]
はじめに Plotlyのsubplotを使ってBoxplotを並べると、trace nameが隣のグラフと被ってしまう。。。指定方法がなかなかわからず彷徨いながらもtrace nameを消す方法にたどり着いたので忘れないようにメモ という話。 やり方 layoutで、消したいtrace nameが属する軸 + subplotでの順番を指定して、 showticklabels = False の状態 […]
